上海市新一轮审核评估方案是在教育部方案的基础上，结合上海实际进行了增补、调整和创新。
首先是基本原则的调整。在“立德树人”中引导高校构建“三圈三全十育人”格局。在“推进改革”中增加“紧扣人才培养目标，激发改革内生动力”。在“问题导向”中增加“建立问题清单”。在“主体责任”中增加“在评估专家推荐、学校自评、指标体系选择等方面探索协商式评估”。
其次是六大特点。
（1）强化落实主体责任的要求
建立协商式评估，体现在专家推荐、学校自评、指标体系选择等方面，例如专家组人数9-13人，外省 (区、市)、境外专家人数不少于评估专家组人数的三分之一，行业学 (协)会、企业和社会用人部门专家不少于2人等。
增设评建指导环节。建立“1+X+1+X”的协商式指导机制。自评过程中，高校可与市教育评估院协商邀请2-3位专家组建自评指导专家组，原则上不进入正式评估。可以在线上评估布置会上与评估专家组交流意见，并可提供有关评估工作重点的建议
（2）增设构建本科专业自主评估制度作为参评条件
自2012年开始，市教委推动高校构建五年一轮的本科专业自主评估制度，将专业评估与院校评估做有效关联推进专业评估工作的深入开展。在教育部方案参评条件“经国家正式批准独立设置的普通本科高校”基础上，增加“并已建立本科专业自主评估制度”的条件。
（3）对接已经“入法”的高校分类方式
2017年，上海市人大常委会通过的《上海市高等教育促进条例》明确构建上海高校分类发展体系，将高校划分为学术研究型、应用研究型、应用技术型和应用技能型等四种类型，其中前三种类型对应于本科高校。
（4）调整评估指标体系
审核重点拓展和补充7个，必选指标增加或调整8个，可选指标增加或调整12个。
（5）细化本科教育教学示范案例评选办法
为落实立德树人根本任务，进一步深化教育教学改革，深化新一轮审核评估的方法创新，激励和引领广大一线教师投身教育教学改革培育一批优秀教学成果，打造学校特色亮点，鼓励“两个先行先试”，即在全面提高人才自主培养质量、造就拔尖创新人才上先行先试，以及在服务区域经济社会发展、优化教育布局结构上先行先试。在程序上，有校内凝练遴选、审核评估专家组推荐、市教委汇总、认定等环节。在数量上，至少推荐3个，但不超过本科生数/2000，全校性综合案例小于等于1，专家组推荐的每校案例 5，并明确排序。
（6）补充常态化的数据报告以服务高校自评工作
在1+3+3报告的基础上，市教委督导室提供了另外3份报告：本科教学质量监测数据分析报告、大学生学习投入度调查报告、教师教学投入度调查报告。