新一轮审核评估指标体系包括定性指标和定量指标两部分。
针对第一类审核评估高校，重点考察本科教育教学质量保障能力、教育教学水平和综合改革成效。定性指标强调3个注重：注重本科教育的时代要求，引导学校落实立德树人根本任务、建设中国特色的世界一流本科教育；注重特色发展，引导学校全面开展教育教学综合改革，提高人才培养质量；注重质量保障的文化机制，引导学校提升内部质量保障能力、加强质量文化建设。定量指标综合考量“双一流”建设动态监测指标以及教育部相关评价指标，审核重点中设置了35个反映高校本科教育教学改革与创新发展的关键数据进行定量审核，包括22个必选项和13个可选项。同时，在可选指标设置上给足弹性空间，高校可结合本校办学实际和优势特色，从高等教育质量监测国家数据平台提供的教学基本状态常态监测数据中自主选择，进行等量或超量替换；国家数据平台提供不同类型高校常模数据（即高校本科教育教学关键数据平均值），学校可根据办学定位和实际需求，自主选择多个类型高校常模数据作对比分析，同类型常模比较长短，从而进一步找准所处坐标和发展方向。
针对第二类评估高校，通过模块化设计定性指标，首次设置统一必选项、类型必选项、特色可选项、首评限选项，由高校根据要求和办学实际自主选择。统一必选项体现国家对高校办学和人才培养的刚性要求，类型必选项体现对学校“精准”定位和差异化发展的引导，特色可选项体现引导学校办出特色、办出水平，首评限选项体现对首次参加审核评估高校基本条件的刚性约束。